La Casa Cuna de San Juan tiene su origen en la Ordenanza Municipal Núm. 12, serie 2006-07 como una iniciativa del Municipio de San Juan de establecer un hogar de transición seguro para niños que son entregados voluntariamente por sus padres biológicos, o referidos por el Departamento de la Familia por requerir la protección del estado ante un escenario familiar de abandono y maltrato.
 

En adición a ofrecer servicios residenciales, apoyo psicológico y social, y servicios de salud y alimentación; Casa Cuna opera además como una agencia de adopción. 
 

En Casa Cuna se fomenta el desarrollo cognoscitivo, físico y emocional de los niños y se promueve la integración a un hogar permanente, fomentando la adopción de los niños que han sido entregados voluntariamente como una opción de amor.
 

Casa Cuna reconoce que todo niño tiene derecho a tener un hogar y una familia, a recibir visitas y a tener un plan de egreso encaminado a su ubicación rápida y segura de vuelta a su hogar o a un hogar adoptivo.