La Casa Cuna de San Juan se rige por su Reglamento, según revisado en febrero de 2018, y las siguientes leyes, entre otras: Ley 338-1998, que contiene la Carta de Derechos del Niño; Ley 93-2008, conocida como “Ley para el Desarrollo e Implantación de la Política Pública para la Niñez en Edad Temprana de Puerto Rico”; Ley 246-2011, según enmendada, conocida como “Ley para la Seguridad, Bienestar y Protección de Menores”; Ley 173-2016 para el “Licenciamiento de Establecimientos de Cuidado, Desarrollo y Aprendizaje de Niños”; Ley 61-2018, conocida como la Ley de Adopción, según enmendada; y el Código Civil, según enmendado.
 

Casa Cuna acoge la Declaración de Derechos de la Niñez aprobada por la Asamblea General de las Naciones Unidas el 20 de noviembre de 1959, en cuanto reconoce que todo participante del programa tiene derecho ser comprendido y amado; a vivir en un ambiente solidario, amistoso y justo; a participar de actividades recreativas; a recibir educación; a una alimentación nutritiva y recibir atención médica adecuada; a ser atendido primero en caso de desastre; y a ser protegido contra negligencia, maltrato, abandono y explotación.