La Casa Cuna de San Juan es administrada por el Honorable Alcalde de San Juan, Miguel Romero, y cuenta con una Junta Asesora compuesta por la Primera Dama de San Juan, Sra. Maritere González; el Vice-Alcalde del Municipio de San Juan, Sr. Alberto Escudero y por los directores del Departamento de Desarrollo Social y Comunitario, la Oficina de Gerencia y Presupuesto, y del Sistema Educativo Municipal Integrado del Municipio de San Juan. Esta Junta Asesora recibe además informes de actividades de la Directora Ejecutiva de La Casa Cuna de San Juan, la Sra. Lydia Pérez, quien labora en las facilidades a tiempo completo.
 

La Casa Cuna de San Juan cuenta con profesionales de enfermería, trabajo social y psicología con experiencia en niñez temprana, así como pediatra y nutricionista. Asimismo, incorpora personal de cuido, cocina y mantenimiento en turnos rotativos. Además, tiene seguridad por parte de la Policía Municipal y asistencia por parte de Manejo de Emergencias las 24 horas del día, los 7 días de la semana.
 

En Casa Cuna tomamos medidas para garantizar que todas las cuidadoras, trabajadoras sociales y otro personal de apoyo reciban talleres de educación continua enfocados en trauma; y otros adiestramientos para reconocer y velar por que se  respeten los derechos de los participantes a la confidencialidad de sus circunstancias personales, del uso de su imagen y expedientes; a recibir visitas y a participar en las actividades sociales y recreativas; a tener ropa en buenas condiciones y en el tamaño y estilo adecuado; y a ser tratados con respeto.